Sự kèo dài thói quen mút ngón tay dẫn đến sự thay đổi cung răng hàm răng sữa cũng như cung răng vĩnh viễn, khớp cắn và cấu trúc quanh răng, hệ thống cơ... và làm tăng khả năng nhạy cảm với độc tố. Ngoài những vấn đề về thể chất, các nhà nghiên cứu còn phát hiện được những trẻ em mút ngón tay khi vào học lớp một thì mức độ nhận thức xã hội thấp hơn so với những trẻ không mút ngón tay. 

Việc để trẻ mút ngón tay tự ngủ trong thời gian kéo dài có thể gây ra những hậu quả về di chuyên răng. Mút ngón tay có thể ở phía trước hoặc phía sau nên triệu chứng lâm sàng cũng biểu hiện theo vị trí mút ngón tay. Mút ngón tay kéo dài 6 tiếng thường sẽ gây ra hậu quả vậy nên nếu phụ huynh để trẻ mút ngón tay khi đi ngủ sẽ gây ra hậu quả:

Ở xương hàm trên: Răng trên mọc nghiêng về phía môi, làm tăng độ cắn chìa
Ở xương hàm dưới: Có thể có khe thưa hoặc không, răng cửa dưới nghiêng về phía lưỡi
Tương quan giữa hai hàm: Tăng độ cắn chìa và cắn hở, ảnh hưởng đến sự phát âm của trẻ

Ảnh hưởng đến môi: Môi không khép hoàn toàn, môi trên ngắn và giảm trương lực. Môi trên bị thụ động trong khi nuốt
Ảnh hưởng tới lưỡi: Lưỡi đặt ở vị trí thấp, tăng nguy cơ đẩy lưỡi do môi không khép kín và các răng cửa trên chìa thường gây đẩy lưỡi bù trừ để tạo ra chân không cần có trong khí nuốt. Phát âm rối loạn do khớp cắn hở
Ở ngón tay: Mút ngón tay khiến ngón tay to hẳn ra, dẹt và ướt